正式には毘廬遮那法界体性塔と呼ぶ根来寺多宝塔(大塔)には豊臣秀吉による焼き討ちの際に付けられた火縄銃の弾痕も残されている。江戸時代にようやく復興が許され、各堂が再建されて現在に至っている。