しばらくは鎌倉幕府から手厚い保護を受けましたが、応永12年（1405年）に焼失の後は再建されませんでした。現在は鎌倉時代を代表する遺跡とし国の史跡に指定され、2017年6月には二階堂、阿弥陀堂、薬師堂などの基壇（基礎）と苑池の復元が完了し公開、今に至ります。厳冬期、池は一面氷が張ります。史跡永福寺跡はJR鎌倉駅の北東約1.8kmにあります。